3 次元ボリュームイメージ処理

3 次元体積データに対するフィルター処理、セグメント化およびその他のイメージ処理演算の実行

3 次元データセットで、ピクセル演算、局所フィルター処理、モルフォロジー、およびその他のイメージ処理を実行します。

アプリ

ボリュームビューアー	ボリュームデータとラベル付きボリュームデータの表示
ボリュームの領域分割	3 次元グレースケールまたは RGB ボリュームイメージのセグメンテーション

関数

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ボリューム表示

`volshow`	ボリュームの表示
`sliceViewer`	イメージスライスの参照
`orthosliceViewer`	グレースケールボリュームまたは RGB ボリュームの直交スライスの参照
`obliqueslice`	3 次元ボリュームデータからの斜体スライスの抽出
`viewer3d`	Create 3-D viewer object
Viewer3D Properties	Display scene in 3-D viewer
Volume Properties	Display volume in 3-D viewer
`Surface`	Display surface in 3-D viewer

イメージのインポートと変換

`adaptthresh`	局所的な 1 次統計量を使用する適応的なイメージのしきい値
`dicomread`	DICOM イメージの読み取り
`dicomreadVolume`	DICOM イメージのセットからの 4 次元ボリュームの作成
`dicomContours`	DICOM-RT 構造体セットからの ROI データの抽出
`imbinarize`	しきい値処理による 2 次元グレースケールイメージまたは 3 次元ボリュームの 2 値化
`niftiinfo`	NIfTI ファイルからメタデータの読み取り
`niftiwrite`	NIfTI フォーマットを使用したファイルへのボリュームの書き込み
`niftiread`	NIfTI イメージの読み取り
`tiffreadVolume`	TIFF ファイルからボリュームまたは時系列イメージスタックを読み取る

イメージ算術

`imabsdiff`	2 つのイメージの差の絶対値
`imadd`	2 つのイメージを追加または定数をイメージに追加
`imdivide`	あるイメージを別のイメージに除算、またはイメージを定数で除算
`immultiply`	2 つのイメージの乗算、またはイメージと定数の乗算
`imsubtract`	イメージを他のイメージから減算する、またはイメージから定数を減算する

幾何学的変換とイメージレジストレーション

`affinetform3d`	3-D affine geometric transformation
`imcrop3`	3 次元イメージのトリミング
`imref3d`	ワールド座標に対する 3 次元イメージの参照
`imregister`	強度ベースのイメージレジストレーション
`imregdemons`	2 つの 2 次元イメージまたは 3 次元イメージを位置合わせさせる変位場の推定
`imresize3`	3 次元ボリューム強度イメージのサイズ変更
`imrotate3`	3 次元ボリュームグレースケールイメージの回転
`imwarp`	イメージへの幾何学的変換の適用
`rigidtform3d`	3-D rigid geometric transformation
`simtform3d`	3-D similarity geometric transformation
`transltform3d`	3-D translation geometric transformation
`transformPointsForward`	Apply forward geometric transformation
`transformPointsInverse`	Apply inverse geometric transformation

イメージのフィルター処理と強調

`fibermetric`	Frangi 血管強調フィルターを使用したイメージ内の細長い構造またはチューブ状構造の強調
`fspecial3`	事前定義型の 3 次元フィルターの作成
`histeq`	ヒストグラム均等化を使用したコントラストの強調
`imadjustn`	N 次元ボリュームイメージの強度値の調整
`imboxfilt3`	3 次元イメージの 3 次元ボックスフィルター処理
`imfilter`	多次元イメージの N 次元フィルター処理
`imgaussfilt3`	3 次元イメージの 3 次元ガウスフィルター処理
`imhistmatchn`	参照イメージのヒストグラムと一致させるために N 次元イメージのヒストグラムを調整
`imnoise`	イメージにノイズを付加
`integralBoxFilter3`	3 次元積分イメージの 3 次元ボックスフィルター処理
`integralImage3`	3 次元インテグラルイメージの計算
`medfilt3`	3 次元のメディアンフィルター処理

モルフォロジー

`bwareaopen`	バイナリイメージからの小さなオブジェクトの削除
`bwconncomp`	バイナリイメージ内の連結要素の検出とカウント
`bwmorph3`	バイナリボリュームのモルフォロジー演算
`bwskel`	すべてのオブジェクトを 2 次元のバイナリイメージまたは 3 次元のバイナリボリュームの線に縮小
`imbothat`	ボトムハットフィルター処理
`imclose`	イメージにモルフォロジークロージングを行う
`imdilate`	イメージの膨張
`imerode`	イメージの収縮
`imopen`	イメージのモルフォロジーオープニング
`imreconstruct`	モルフォロジー再構成
`imregionalmax`	局所的な最大値
`imregionalmin`	局所的な最小値
`imtophat`	トップハットフィルター処理
`offsetstrel`	モルフォロジーオフセット構造化要素
`strel`	モルフォロジー構造化要素
`watershed`	Watershed 変換

イメージのセグメンテーション

`activecontour`	動的輪郭 (snakes) 領域拡張法を使用した前景と背景へのイメージのセグメント化
`bfscore`	イメージのセグメンテーションのための輪郭マッチングスコア
`dice`	イメージセグメンテーションのための Sørensen-Dice 類似度係数
`gradientweight`	イメージの勾配に基づいてイメージピクセルの重みを計算
`graydiffweight`	グレースケール強度の差に基づくイメージピクセルの重み計算
`imsegfmm`	高速マーチング法を使用したバイナリイメージのセグメンテーション
`imsegkmeans3`	k-means クラスタリングベースのボリュームセグメンテーション
`jaccard`	イメージセグメンテーションのための Jaccard 類似度係数
`superpixels3`	3 次元イメージの 3 次元スーパーピクセルオーバーセグメンテーション

イメージ解析

`bwselect3`	バイナリボリュームのオブジェクトを選択
`edge3`	3 次元グレースケールボリューム内のエッジの検出
`imgradient3`	3 次元イメージの勾配の大きさと方向の検出
`imgradientxyz`	3 次元イメージの方向勾配の検出
`imhist`	イメージデータのヒストグラム
`regionprops3`	3 次元ボリュームイメージ領域のプロパティの計測

深層学習用のイメージ拡張

`randomPatchExtractionDatastore`	イメージまたはピクセルラベルイメージから 2 次元または 3 次元のランダムパッチを抽出するためのデータストア
`centerCropWindow3d`	直方体の中央トリミングウィンドウの作成
`randomCropWindow3d`	ランダムな直方体のトリミングウィンドウの作成
`randomAffine3d`	ランダムな 3 次元アフィン変換の作成
`affineOutputView`	ワーピングイメージの出力表示の作成

トピック

ボリュームの表示

ボリュームビューアーアプリを使用した 3 次元ボリュームデータの調査
3 次元ボリュームデータの直交断面を表示し、レンダリングを調整してボリュームの構造を明らかにします。
"ボリュームビューアー" を使用した 3 次元ラベル付きボリュームデータの調査
ボリュームビューアー アプリを使用して、3 次元ラベル付きボリュームデータを表示して、不透明度やカラーマップなどの可視化を調整できます。
Display Interior Labels by Clipping Volume Planes
Interactively clip a quadrant of a volumetric image to expose a surface within the volume.
Display Interior Labels by Adjusting Volume Overlay Properties
Adjust the transparency of labeled volumetric data and the rendering style to reveal labels on the interior of the volume.

ボリュームの処理と解析

ボリュームの領域分割を使用したバイナリマスクの作成
この例では、ボリュームの領域分割アプリでボリュームをセグメント化する方法を説明します。
Work with Blocked Images Using Volume Segmenter
Segment a volumetric image that could be too large to fit into memory by converting the volume to a blocked image.
入力ボリューム強度イメージの 3 次元スーパーピクセルの計算
この例では、3 次元 MRI データをスーパーピクセルのグレースケール強度イメージに変換する方法を説明します。
ボリュームの深層学習向け前処理 (Deep Learning Toolbox)
ボリュームイメージとラベルデータを読み取り、3 次元深層学習向けに前処理します。