dicomreadVolume
DICOM イメージのセットからの 4 次元ボリュームの作成
構文
説明
V = dicomreadVolume(sourceTable)sourceTable にリストされている入力ファイルから 4 次元 DICOM ボリュームを作成します。この table には DICOM ボリュームのメタデータを指定する 1 行のみが含まれていなければなりません。
V = dicomreadVolume(sourceTable,rowname)rowname にリストされている入力ファイルから 4 次元 DICOM ボリュームを作成します。sourceTable が複数の行を含む場合、この構文を使用します。
例
DICOM イメージ ファイルを含むフォルダーからボリューム データを読み込みます。関数 squeeze を使用して、大きさが 1 の次元を削除します。
[V,spatial,dim] = dicomreadVolume("dog");
V = squeeze(V);4 次元 DICOM ボリュームを表示します。磁気共鳴 (MR) イメージのカラーマップと透明度マップを生成します。
intensity = [0 20 40 120 220 1024]; alpha = [0 0 0.15 0.3 0.38 0.5]; color = ([0 0 0; 43 0 0; 103 37 20; 199 155 97; 216 213 201; 255 255 255])/ 255; queryPoints = linspace(min(intensity),max(intensity),256); amap = interp1(intensity,alpha,queryPoints)'; cmap = interp1(intensity,color,queryPoints);
カスタムのカラーマップと透明度マップを使用してボリュームを表示します。
volshow(V,Colormap=cmap,Alphamap=amap);
dicomreadVolume から返された空間構造体を表示します。この構造体には、入力 DICOM イメージ ファイルに関する空間情報が含まれています。
spatial
spatial = struct with fields:
PatientPositions: [22×3 double]
PixelSpacings: [22×2 double]
PatientOrientations: [2×3×22 double]
ImageSize: [512 512 22]
dicomreadVolume の次元情報を表示します。この値は、スライス オフセットが "z" 次元に沿って最大であることを示します。
dim
dim = 3
関数 dicomCollection を使用して、フォルダーに含まれる DICOM ファイルの詳細を収集します。この関数は、使用可能な DICOM メタデータの詳細を table 形式で返します。
sourceTable = dicomCollection("dog");table を表示します。各行には、指定されたフォルダーに存在する DICOM イメージ セットのメタデータが含まれています。
sourceTable
sourceTable=1×14 table
StudyDateTime SeriesDateTime PatientName PatientSex Modality Rows Columns Channels Frames StudyDescription SeriesDescription StudyInstanceUID SeriesInstanceUID Filenames
____________________ ____________________ _______________ __________ ________ ____ _______ ________ ______ ________________ _________________ _________________________________________________________ _________________________________________________________ _____________
s1 14-Dec-2013 15:47:31 14-Dec-2013 15:54:33 "GORBERG MITZI" "F" "MR" 512 512 1 22 "CSP" "AX T2" "1.2.840.113619.2.244.3596.11880862.13689.1386517653.214" "1.2.840.113619.2.244.3596.11880862.13689.1386517653.217" {22×1 string}
table 内の DICOM イメージ セットから 4 次元 DICOM ボリュームを作成します。目的の DICOM イメージ セットを含む行名を指定します。等方性ボリュームを作成するには、名前と値の引数 MakeIsotropic を true として指定します。関数 squeeze を使用して、大きさが 1 の次元を削除します。
V = dicomreadVolume(sourceTable,"s1",MakeIsotropic=true);
V = squeeze(V);MRI イメージのカラーマップと透明度マップを生成します。
intensity = [0 20 40 120 220 1024]; alpha = [0 0 0.15 0.3 0.38 0.5]; color = ([0 0 0; 43 0 0; 103 37 20; 199 155 97; 216 213 201; 255 255 255])/255; queryPoints = linspace(min(intensity),max(intensity),256); amap = interp1(intensity,alpha,queryPoints)'; cmap = interp1(intensity,color,queryPoints);
関数 volshow、およびカスタムのカラーマップと透明度マップを使用して、等方性 4 次元 DICOM ボリュームを表示します。
vol = volshow(V,Colormap=cmap,Alphamap=amap);
入力引数
出力引数
4 次元 DICOM ボリューム。数値配列として返されます。
V の次元は [rows, columns, samples, slices] です。ここで、samples はボクセルあたりのカラー チャネルの数です。たとえば、グレースケール ボリュームにはサンプルが 1 つ含まれ、RGB ボリュームにはサンプルが 3 つ含まれます。関数 squeeze を使用して、サンプルが 1 などの大きさが 1 の次元を削除します。
入力 DICOM イメージのメタデータから収集されたスライスの位置、解像度、および方向。以下のフィールドをもつ構造体として返されます。
| フィールド | 説明 |
|---|---|
PatientPositions | 各スライスの最初のピクセルの座標 (x, y, z)。スキャナーの座標系の原点からミリメートル単位で測定されます。 |
PixelSpacings | 各スライス内の近傍の行と列の間の距離 (ミリメートル単位)。 |
PatientOrientations | 患者位置に対する各スライスの行と列の方向を指定する方向コサイン 3 成分ペア。 |
DICOM 属性の詳細については、DICOM 標準の Part 3、C.7.6.2 セクションを参照してください。
オフセットが最大の次元。1、2、または 3 として返されます。値は、入力 DICOM データ内の隣接するスライス間のオフセットの量が最大になる、3 次元座標系内の次元を示します。
最大オフセットが "x" 次元に沿っている場合、
dimは1です。最大オフセットが "y" 次元に沿っている場合、
dimは2です。最大オフセットが "z" 次元に沿っている場合、
dimは3です。
