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tiffreadVolume

TIFF ファイルからボリュームを読み取る

構文

V = tiffreadVolume(filename)

V = tiffreadVolume(filename,'PixelRegion',{rows,columns,slices})

説明

V = tiffreadVolume(filename) は、filename という名前の TIFF ファイルにあるすべてのボリューム データを V に読み込みます。V 内では、すべての空間次元が先頭にあり、色 (存在する場合) は最後の次元にあります。

V = tiffreadVolume(filename,'PixelRegion',{rows,columns,slices}) はボリューム V の一部を読み取ります。{rows,columns,slices} は各次元に沿ったサブサンプリングを指定する cell 配列です。

例

TIFF ファイルからボリュームを読み取る

この例では、TIFF ファイルに保存されているボリューム データを読み取る方法を説明します。

ファイルからボリューム全体を読み取る

ボリュームを TIFF ファイルからワークスペースに読み取ります。この例では、ボリュームは 27 個の MRI イメージのスタックです。各イメージのサイズは 128 x 128 ピクセルです。

V1 = tiffreadVolume('mri.tif');
whos V1

  Name        Size                 Bytes  Class    Attributes

  V1        128x128x27            442368  uint8              

ファイルからボリュームのサブセクションを読み取る

ボリュームのサブセクションを TIFF ファイルからワークスペースに読み取ります。この例では 'PixelRegion' パラメーターを使用して、ボリュームのどの部分を読み取るかを指定します。サブセクションは {rows, columns, slices} 形式の cell 配列で指定します。この例では、最初のピクセルから読み取りを開始し、行と列の次元で 1 つおきにピクセルを読み取るよう指定します。この例ではスライス 10 から 15 までを読み取ります。

V2 = tiffreadVolume('mri.tif',...
    'PixelRegion', {[1 2 inf], [1 2 inf], [10 15]});
whos V2

  Name       Size              Bytes  Class    Attributes

  V2        64x64x6            24576  uint8              

入力引数

filename — TIFF ファイルの名前

string

TIFF ファイルの名前。string として指定します。

例: 'mri.tif'

データ型: char | string

{rows,columns,slices} — サブサンプリングの指示

cell 配列

サブサンプリングの指示。3 要素 {row,column,slice} を含む cell 配列として指定します。slice の指定はオプションです。指定しない場合、tiffreadVolume はボリューム内のすべてのスライスを読み取ります。

cell 配列内の各要素は [start stop] または [start stride stop] 形式の数値ベクトルです。start は特定の次元のどこから読み取りを開始するかを指定します。stop は特定の次元のどこで読み取りを停止するかを指定します。次元の最後まで読み取るには、stop に値 inf を指定します。start と stop の値は等値を含みます。stride は、特定の次元に沿ってすべてのピクセルを読み取るか、またはピクセルをスキップしてその次元をサブサンプリングするかを指定します。

たとえば、最初のピクセルから読み取りを開始し、1 つおきにピクセルを読み取り、次元の最後まで読み取りを継続するには、[1 2 inf] と指定します。

データ型: cell | double | single

出力引数

V — ボリューム

数値配列

ボリューム。数値配列として返されます。

ヒント

この関数は次の種類の TIFF ボリュームをサポートします。

• 同じサイズおよび種類の個別のイメージ ファイル ディレクトリ (IFD) としてファイルに保存されたボリューム データ。

• TIFF ImageDepth タグを使用した 1 つのイメージとしてファイルに保存されたボリューム データ。

• ImageJ によって作成され、4 GB を超えている、BigTIFF 以外の大きなボリュームとして保存されたボリューム データ。

参考

dicomread | dicomreadVolume | imread | nitfread

R2020b で導入

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