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niftiread

NIfTI イメージの読み取り

説明

V = niftiread(filename) は、現在のフォルダーまたはパス上で filename によって指定された NIfTI イメージ ファイルを読み取り、V でボリューム データを返します。関数 niftiread は、ファイル形式 NIfTI1NIfTI2 の両方をサポートしています。

V = niftiread(headerfile,imgfile) は、NIfTI ヘッダー ファイル (.hdr) とイメージ ファイル (.img) のペアを読み取ります。

V = niftiread(info) は、メタデータ構造体 info によって記述された NIfTI ファイルを読み取ります。info 構造体を作成するには、関数 niftiinfo を使用します

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NIfTI ファイルからボリューム データを読み込みます。ファイルは NIfTI の結合形式を使用します。この形式では、イメージとメタデータは同じファイルに存在します。このタイプの NIfTI ファイルには .nii ファイル拡張子が付いています。

V = niftiread('brain.nii');

ワークスペースに変数を表示します。

whos V
  Name        Size                  Bytes  Class    Attributes

  V         256x256x21            1376256  uint8              

NIfTI ファイルからメタデータを読み取ります。

info = niftiinfo('brain.nii');

niftiinfo によって返されたメタデータ構造体を使用してボリューム イメージを読み取ります。

V = niftiread(info);

ワークスペースに変数を表示します。

whos V
  Name        Size                  Bytes  Class    Attributes

  V         256x256x21            1376256  uint8              

入力引数

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NIfTI ファイルの名前。string スカラーまたは文字ベクトルとして指定します。NIfTI1 または NIfTI2 ファイル形式のファイルを指定できます。

  • ファイル拡張子を指定しない場合、niftiread は、拡張子 .nii が付いたファイルを探します。

  • niftiread は、拡張子 .nii をもつファイルが見つからない場合、拡張子 .nii.gz 付きの gzip 形式のファイルを探します。

  • niftiread は、拡張子 .nii.gz を持つファイルが見つからない場合は、.hdr.hdr.gz.img、または .img.gz のファイル拡張子付きのファイルを探します。

  • niftiread は、これらのオプションに一致するファイルが見つからない場合、エラーを返します。

データ型: char | string

メタデータを含むファイルの名前。string スカラーまたは文字ベクトルとして指定します。NIfTI ヘッダー ファイル (.hdr) は、NIfTI ボリュームに関連付けられたメタデータを保持します。対応する imgfile を指定しない場合、niftiread は同じフォルダー内で同じ名前と拡張子 .img を持つファイルを探します。

データ型: char | string

ボリュームを含むファイルの名前。string スカラーまたは文字ベクトルとして指定します。NIfTI イメージ ファイル (.img) は、ボリューム データを保持します。対応するヘッダー ファイルを指定しない場合、niftiread は同じフォルダー内で同じ名前と拡張子 .hdr をもつファイルを探します。

データ型: char | string

NIfTI ファイルのメタデータ。niftiinfo によって返される構造体として指定します。

データ型: struct

出力引数

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ボリューム データ。数値配列として返されます。

詳細

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NifTI ファイル形式

NIfTI (Neuroimaging Informatics Technology Initiative) は、機能的神経画像ソフトウェア ツールの相互運用性を促進するための NIH 後援による作業部会です。NIfTI は、シングルまたはデュアル ファイル保存形式を使用します。

  • デュアル ファイル形式は、メタデータを含むヘッダー ファイル (.hdr) とイメージ データを含むデータ ファイル (.img) のペアにデータを格納します。

  • シングル ファイル形式は、データを 1 つのファイル (.nii) に格納します。このファイルには、ヘッダー情報の後にイメージ データが格納されます。

参照

[1] Cox, R. W., J. Ashburner, H. Breman, K. Fissell, C. Haselgrove, C. J. Holmes, J. L. Lancaster, D. E. Rex, S. M. Smith, J. B. Woodward, and S. C. Strother. "A (sort of) new image data format standard: NiFTI-1." 10th Annual Meeting of Organisation of Human Brain Mapping, Budapest, Hungary, June 2004.

R2017b で導入