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niftiwrite

NIfTI フォーマットを使用したファイルへのボリュームの書き込み

説明

niftiwrite(V,filename) は、Neuroimaging Informatics Technology Initiative(NIfTI) 形式を使用して、ボリューム イメージ データ V をファイルに書き込みます。既定では、niftiwrite は、メタデータ データとボリューム データの両方を含む混合 NIfTI ファイルを作成します。niftiwrite はファイルに filename で名前を付け、.nii ファイル拡張子を追加します。niftiwrite は、適切な既定値とサイズやデータ型などのボリューム プロパティを使用してメタデータを設定します。

niftiwrite は、ファイル形式 NIfTI1NIfTI2 の両方をサポートしています。NIfTI1 は既定のファイル形式です。NifTI データを NIfTI2 形式で書き込むには、Name,Value のペア引数を含む構文を使用します。Version 引数に 'NIfTI2' を指定します。

niftiwrite(V,filename,info) は、ボリューム データ V (info からのファイル メタデータを含む) をファイルに書き込みます。メタデータがイメージのコンテンツおよびサイズと一致しない場合、niftiwrite はエラーを返します。

niftiwrite(V,filename,info,Name,Value) は、Name,Value ペアで指定されたオプションを使用してボリューム データをファイルに書き込みます。

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.nii ファイル名を使用して NIfTI イメージを読み込みます。

V = niftiread('brain.nii');

3 行 3 列のメディアン フィルターを使用して 3 次元でイメージをフィルター処理します。

V = medfilt3(V);

既定のヘッダー値を使用して、フィルター処理されたイメージを .nii ファイルに書き込みます。

niftiwrite(V,'outbrain.nii');

.nii ファイル名を使用して NIfTI ファイルからメタデータを読み取ります。

info = niftiinfo('brain.nii');

ファイルのメタデータを使用してボリューム データをファイルから読み取ります。

V = niftiread(info);

ファイルの Description メタデータ フィールドを編集します。

info.Description = 'Modified using MATLAB R2017b';

変更されたメタデータとともにボリューム データを新しい .nii ファイルに書き込みます。

niftiwrite(V,'outbrain.nii',info);

入力引数

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NIfTI ファイルの名前。string スカラーまたは文字ベクトルとして指定します。既定では、niftiwrite は、メタデータとイメージ データの両方を含みファイル拡張子が .nii である結合形式のファイルを作成します。名前と値のペア 'Compressed' を指定すると、niftiwrite によってファイル拡張子 .nii.gz が追加されます。名前と値のペア 'Combined'false に設定された場合、niftiwrite によってファイル名は同じで拡張子が異なる 2 つのファイルが作成されます。一方のファイルには、ボリュームに関連付けられたメタデータが含まれ、ファイル拡張子は .hdr です。他方のファイルには、イメージ データが含まれ、ファイル拡張子は .img です。

データ型: char | string

ボリューム データ。数値配列として指定します。

データ型: single | double | int8 | int16 | int32 | int64 | uint8 | uint16 | uint32 | uint64 | logical

ファイルのメタデータ。関数 niftiinfo によって返される構造体として指定します。

データ型: struct

名前と値のペアの引数

オプションの引数 Name,Value のコンマ区切りペアを指定します。Name は引数名で、Value は対応する値です。Name は引用符で囲まなければなりません。Name1,Value1,...,NameN,ValueN のように、複数の名前と値のペアの引数を、任意の順番で指定できます。

例: niftiwrite(V,'outbrain.nii','Compressed',true)

作成する NIfTI ファイルのタイプ。true または false として指定します。true (既定) の場合、niftiwrite はファイル拡張子 .nii を持つ単一のファイルを作成します。false の場合、niftiwrite は、名前は同じでファイル拡張子が異なる (メタデータを含むファイル .hdr とボリューム データを含むファイル .img) ファイル ペアを作成します。

データ型: single | double | int8 | int16 | int32 | int64 | uint8 | uint16 | uint32 | uint64 | logical

イメージ データの圧縮。true または false として指定します。 'Compressed'true の場合、niftiwrite は gzip を使ってファイル名の拡張子が .gz である圧縮ファイルを生成します。

データ型: single | double | int8 | int16 | int32 | int64 | uint8 | uint16 | uint32 | uint64 | logical

データのエンディアン。リトルエンディアン形式 (既定) を示す 'little'、またはビッグエンディアン形式を示す 'big' として指定します。

データ型: char | string

NIfTI データ形式。'NIfTI1' または 'NIfTI2' として指定します。

  • 'NIfTI1' に指定した場合、niftiwriteNIfTI1 データ形式に従って入力を書き込みます。

  • 'NIfTI2' に指定した場合、niftiwriteNIfTI2 データ形式に従って入力を書き込みます。

  • 指定しない場合、'Version' の既定値は、入力ボリューム データの最大次元に基づいて選択されます。

    • 入力の最大次元が 32767 以下の場合、既定値は NIfTI1 です。

    • 入力の最大次元が 32767 より大きい場合、既定値は NIfTI2 です。

データ型: char | string

参照

[1] Cox, R. W., J. Ashburner, H. Breman, K. Fissell, C. Haselgrove, C. J. Holmes, J. L. Lancaster, D. E. Rex, S. M. Smith, J. B. Woodward, and S. C. Strother. "A (sort of) new image data format standard: NiFTI-1." 10th Annual Meeting of Organisation of Human Brain Mapping, Budapest, Hungary, June 2004.

R2017b で導入