bigimage
(削除予定) 非常に大規模なイメージがコアに収まらない場合の処理
bigimage オブジェクトは将来のリリースで削除される予定です。代わりに、blockedImage オブジェクトを使用してください。詳細については、バージョン履歴を参照してください。
説明
bigimage オブジェクトは、大きな TIFF イメージ ファイルに関する情報とそのイメージに含まれるイメージ データに関する情報を格納します。bigimage は、別々に読み込んで処理できるデータの小さいブロックとしてイメージを表します。
大きすぎてメモリに収まらないイメージを可視化および処理する場合や利用可能なサイズを上回るメモリを必要とするイメージを処理する場合には、bigimage オブジェクトを使用します。さらに、このオブジェクトは以下を行うことができます。
異なる複数の解像度レベル (イメージ ピラミッド) のイメージを読み取り、処理し、表示する。
イメージの任意の領域を読み取る。
データのブロックを読み取り、設定し、書き込む。
複数の解像度レベルをもつ大きなイメージでは、最低のまたは "最も粗い" 解像度レベルの場合に、各ピクセルが最大の面積を覆います。最高のまたは "最も細かい" 解像度レベルの場合、各ピクセルは最小の面積を覆います。
作成
構文
説明
bigimg = bigimage( は、大きなイメージ データをもつファイルを含む dirname)dirname という名前のディレクトリから bigimage オブジェクトを作成します。
bigimg = bigimage( は、ワークスペース内の変数 varname)varname から bigimage オブジェクトを作成します。
bigimg = bigimage(spatialReferencing,channels,classUnderlying) は、書き込み可能な bigimage オブジェクトを作成し、イメージ データを初期化せずに SpatialReferencing プロパティ、Channels プロパティ、および ClassUnderlying プロパティを設定します。
bigimg = bigimage(levelSizes,channels,classUnderlying) は、書き込み可能な bigimage オブジェクトを作成し、イメージ データを初期化せずに LevelSizes プロパティ、Channels プロパティ、および ClassUnderlying プロパティを設定します。
bigimg = bigimage(___,'Classes',classes,'PixelLabelIDs',pixelLabelIDs) は、categorical データを使用して bigimage オブジェクトを作成します。Classes プロパティを使用して、クラス名を指定します。PixelLabelIDs プロパティを使用して、categorical クラス名に対するイメージ ピクセル ラベルの値のマッピングを指定します。
bigimg = bigimage(___,Name,Value) は、名前と値のペアを使用して BlockSize、SpatialReferencing、UndefinedID、UnloadedValue プロパティを 1 つ以上設定します。複数の名前と値のペアを指定できます。各プロパティ名を引用符で囲みます。
たとえば、bigimage(bigfile,'BlockSize',[256 256],'UnloadedValue',128) は、256 x 256 ピクセルのブロック サイズと既定のピクセル値 128 をもつ大きなイメージをファイル bigfile から作成します。
入力引数
プロパティ
オブジェクト関数
apply | (削除予定) bigimage オブジェクトのブロックの処理 |
isequal | (削除予定) 2 つの bigimage オブジェクトの等価性の比較 |
getBlock | (削除予定) bigimage オブジェクトのブロックの読み取り |
getFullLevel | (削除予定) 1 つのレベルの bigimage オブジェクトに含まれるすべてのデータの取得 |
getRegion | (削除予定) bigimage オブジェクトの任意の領域の読み取り |
setBlock | (削除予定) bigimage オブジェクトの特定のブロックへのデータの配置 |
write | (削除予定) 新しいファイルへの bigimage オブジェクトの内容の書き込み |
例
サンプル イメージ "tumor_091R.tif" から、大きなイメージを作成します。このサンプル イメージは、CAMELYON16 データ セットの腫瘍組織が含まれるリンパ節の学習イメージです。このイメージは、3 つの粗い解像度レベルが含まれ、縦横比が一定に維持され、各レベルで特徴がレジストレーションされるように調整されています。
bim = bigimage("tumor_091R.tif");最も細かい解像度レベルで bigimage 全体を表示します。ブロック境界のグリッドを表示します。
bshow = bigimageshow(bim,'GridVisible','on','GridLevel',1);
最も粗い解像度レベルと、そのレベルでの bigimage の空間参照を判定します。
clevel = bim.CoarsestResolutionLevel; clevelLims = bim.SpatialReferencing(clevel);
次の手順に従って、最も粗い解像度レベルのマスクを作成します。
最も粗い解像度レベルの単一解像度イメージを取得します。
イメージをグレースケールに変換します。
イメージを 2 値化します。2 値化したイメージでは、対象オブジェクトは黒に、背景は白になります。
2 値化したイメージの補数を取ります。結果のマスクは、対象オブジェクトは白になり、背景は黒になる規則に従います。
imcoarse = getFullLevel(bim,clevel); graycoarse = rgb2gray(imcoarse); bwcoarse = imbinarize(graycoarse); mask = imcomplement(bwcoarse);
マスクを含む bigimage を作成します。元の bigimage と同じ空間参照を使用します。
bmask = bigimage(mask,'SpatialReferencing',clevelLims);マスクを表示します。
figure bigimageshow(bmask);
元の bigimage にマスクを重ね合わせます。非ゼロ マスク ピクセルを少なくとも 1 つ含むすべてのブロックを強調表示するために、包含しきい値として 0 を指定します。
showmask(bshow,bmask,'InclusionThreshold',0);
ヒント
SpatialReferencingまたはLevelSizesの構文を使用して作成されたbigimageオブジェクトには、書き込みができます。これらのbigimageオブジェクトには、関数setBlockを使用して書き込みます。filename、dirname、またはvarnameの構文を使用して作成されたbigimageオブジェクトには、書き込みができません。bigimageオブジェクトは UnloadedValue プロパティを 2 つの状況で使用します。1 つ目の状況は、書き込み可能なbigimageオブジェクトを作成する場合です。書き込み可能なbigimageオブジェクトのブロックは、setBlock関数を使用してブロック データを書き込むまで、UnloadedValueに設定されます。2 つ目の状況は、関数applyが、すべてのブロックが処理される前にbigimageオブジェクトのブロックの処理を停止する場合です。
参照
[1]
[2]
