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getFullLevel

1 つのレベルの大きなイメージに含まれるすべてのデータの取得

説明

I = getFullLevel(bigimg) は、最も粗い解像度レベルで bigimg 内の大きなイメージ データを読み取り、単一解像度のイメージ I を返します。

I = getFullLevel(bigimg,level) は、指定された解像度レベルで bigimg 内の大きなイメージ データを読み取り、単一解像度のイメージ I を返します。

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CAMELYON16 データセットのイメージ "tumor_091.tif" の変更したバージョンを使用してブロック化されたイメージを作成します。元のイメージは、腫瘍組織が含まれるリンパ節の学習イメージです。元のイメージには 8 つの解像度レベルがあり、最も細かいレベルの解像度は 53760 x 61440 です。変更したイメージには、3 つの粗い解像度レベルのみが含まれています。変更したイメージの空間参照は、縦横比が一定に維持され、各レベルで特徴がレジストレーションされるように調整されています。

bim = blockedImage('tumor_091R.tif');

最も細かい解像度レベルでブロック化されたイメージ全体を表示します。ブロック境界のグリッドを表示します。

bshow = bigimageshow(bim,'ResolutionLevel','fine',...
    'GridVisible','on','GridLevel',1);

最も粗い解像度レベルのマスクを作成します。

まず、最も粗い解像度レベルの単一解像度イメージを取得します。gather は既定で最も粗い解像度レベルからデータを取得します。

imcoarse = gather(bim);
% Convert the coarse image to grayscale.
graycoarse = rgb2gray(imcoarse);
% Binarize the grayscale image. In the binarized image, the object of
% interest is black and the background is white.
bwcoarse = imbinarize(graycoarse);
% Take the complement of the binarized image. The resulting mask follows
% the convention in which the object of interest is white and the
% background is black.
mask = imcomplement(bwcoarse);

マスクを含むブロック化されたイメージを作成します。

元のブロック化されたイメージと同じ空間参照を使用します。最も粗い解像度レベルを決定し、そのレベルの最初の 2 つの次元におけるブロック化されたイメージの空間参照情報を取得します。

coarsestLevel = bim.NumLevels;
originalWorldStartcoarsest = bim.WorldStart(coarsestLevel,1:2);
originalWorldEndcoarsest = bim.WorldEnd(coarsestLevel,1:2);
%
% Create the blocked image for the mask.
bmask = blockedImage(mask,'WorldStart',originalWorldStartcoarsest,...
   'WorldEnd',originalWorldEndcoarsest);

マスク イメージを表示します。

figure
bigimageshow(bmask);

マスクを元のブロック化されたイメージに重ね合わせます。非ゼロ マスク ピクセルを少なくとも 1 つ含むすべてのブロックを強調表示するために、包含しきい値として 0 を指定します。

showmask(bshow,bmask,'InclusionThreshold',0);

入力引数

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大きなイメージ。bigimage オブジェクトとして指定します。

解像度レベル。bigimg の解像度レベル値以下の正の整数として指定します。既定のレベルは最も粗い解像度レベル bigimg.CoarsestResolutionLevel です。

出力引数

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単一解像度のイメージ。数値配列として返されます。

ヒント

  • 大きな入力イメージ bigimgLevelSizes プロパティをチェックして、指定されたレベルのイメージ データのサイズが十分に小さく、メモリに収まることを確認します。

R2019b で導入