ひとまず .mlapp ファイル内の startupFcn に python path の設定を入れると動いているように思えます.
https://jp.mathworks.com/help/matlab/app-designer.html のページのアプリの作成例も大変役に立つのですが,たくさんボタンや plot を並べた GUI を作る場合,全部のコードを mlapp ファイルに入れるのは,扱いにくいので,外部ファイルを参照する場合のファイルの置き方や,そのときのパスの設定方法などが App Designer の公式の説明ページにあると嬉しいです.