データファイルが他のアプリケーションからアクセスされているかどうかを確認するための直接的な機能はありませんが、fopen 関数で 'r+' オプションを用いてファイルを開くことで確認することができます。
'r+' オプションは、「読み書き」アクセスの認証となり、他のアプリケーションでファイルをロックしていたり、何らかの理由でファイルが開けない場合には -1 を出力します。
fid = fopen(filename,'r+'); % ファイルのオープン(読み書き権限)
if fid~=-1 % 正常にオープンできた場合
data = textscan(fid,...); % ファイルの読み込み
....
fclose(fid)
end