ブレークポイントを設定している MATLAB ファイルが実行される前に、コマンドウィンドウ上や呼び出し元の MATLAB ファイルで CLEAR ALL (またはCLEAR FUN, CLEAR FUNCTIONS)コマンドが実行されている可能性があります。
CLEAR ALL コマンドは、全ての変数やグローバル変数、メモリ内の関数リスト・MEX-ファイルへのリンク等を消去しますので、ブレークポイントも消去します。
CLEAR ALL の代わりに CLEAR VARIABLE (または CLEAR)を使用すると、ブレークポイントを消去することなく全ての変数を消去しますので、デバッグの際は、CLEAR VARIABLES (または CLEAR)を使用してください。