S-Function BuilderはCコードの機能をSimulinkモデルに実装する機能ではありますが、そのコードの機能の検証、デバッグなどをするには向いていません。
以下の画像のように、通常の出力ポートに加えてデバッグ用のポートと変数を追加し、それにScopeなどを接続して確認するという方法があります。
もう少ししっかりとしたデバッグをしたいという場合は、Visual Studioと連携してデバッグすることをお勧めします。
今回の例（添付ファイル）で、S-function builderのビルド時に、以下の画像のようにデバッグ可能な状態でビルドします。
mex -g my_builder.c my_builder_wrapper.c
次にVisual Studioを起動し、今回作成したCコードを開き、ブレークポイントを設定します。（作成したコードはmy_builder_wrapper.cに書かれています）
以下のように「デバッグ」、「プロセスにアタッチ」でMATLABにアタッチします。
準備完了となれば、設定完了です。Simulinkを実行すると、ブレークポイントの箇所で停止し、変数の状態を確認することができます。
この例ではMATLAB R2019bとVisual Studio 2019を用いています。
