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Alignment(3,:) in seqinsertgaps

Bio_Ing_Sapienza さんによって質問されました 2018 年 11 月 30 日
最新アクティビティ madhan ravi
さんによって コメントされました 2018 年 12 月 4 日
Hi guys. There's someone able to explain me why in seqinsertgaps for the alignment (al) I have to choose the first and the third line?i.e al(1,:)
al(3,:) What should be the general criterion? Thanks a lotmatlabimage.png

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1 件の回答

回答者: Tim DeFreitas 2018 年 11 月 30 日

The alignment returned by nwalign is a 3xN character array showing the optimal alignment between the two input protein sequences. The first row is the first input sequence, the middle row shows alignment information, and the last shows the second sequence:
>> al(:,1:10)
ans =
3×10 char array
' ||||'
We then use seqinsertgaps to get the original nucleotide sequence, but with the gap information returned by the alignment, so the inputs are the first and third rows of the alignment character vector.

  1 件のコメント

madhan ravi
2018 年 12 月 4 日
Bio Ing Sapienza's answer moved here for consistency:

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