セキュリティソフトウェアがパッケージ化されたスタンドアロンアプリケーションに対して警告を発する場合は、パッケージ化されたものではなく、MATLABランタイムのインストーラ(MCRInstaller.exe)と、スタンドアロンアプリケーションのZIPファイルを別に配布します。
それでも警告を発する場合は、スタンドアロンアプリケーションのexeに含まれているアーカイブを別にして配布します。アーカイブはパッケージ化の際に「-C」オプションにより.ctfファイルとして生成されます。
mccコマンドの詳細:
https://jp.mathworks.com/help/compiler/mcc.html