CNN で複数の GPU を使用するには、trainingOptions 関数で複数 GPU のオプションである 'ExecutionEnvironment' を指定する必要があります。
具体的な使用方法は以下のとおりです。
>> opt = trainingOptions('ExecutionEnvironment', 'multi-gpu')
あるいは
>> opt = trainingOptions('ExecutionEnvironment', 'parallel')
'ExecutionEnvironment' オプションのうち複数の GPU が使用できるオプションは 'multi-gpu' と 'parallel' の二つがあります。これらのオプションの違いは、'multi-gpu' は一つの GPU を一つの local ワーカーでしか使用できませんが、'parallel' オプションは複数の ワーカーからそれぞれの GPU にアクセスすることができます。'parallel' オプションの使用が想定される状況としては、クラスターなどの大規模演算ができる環境を使用している場合になります。
なお、複数の GPU を使用する場合も 1枚の GPU 使用と同じで、Parallel Computing Toolbox が必要になります。