MATLAB エディタのパブリッシュ機能、および publish 関数を用いた PDF 出力では、完全に 2バイト文字には対応していません。
回避方法として、publish 関数にて、フォント名を指定することで、回避できる場合があります。
>> publish('test.m', 'format', 'pdf', 'font', 'MS Gothic');
なお、MATLAB R2016a 以降のバージョンでは、ライブスクリプト(ライブエディタ) から日本語コメントを含むコードを PDF に変換することが可能です(ただし、フォント名を指定することはできません)。