If you do a check before the if-elseif-else-end statement, the values of m, m1  and n , n1 are same 
That leads to the if-elseif - end conditions not satisfied . Hence both matrices remain same despite using some modifications to the H & t matrixces through if-else statements 
H = rand(4096,128)
H = 4096×128
    0.8248    0.5065    0.6397    0.3823    0.1631    0.4526    0.4803    0.4205    0.3585    0.6254    0.4043    0.4537    0.1282    0.9759    0.0297    0.6665    0.0417    0.5129    0.7328    0.9560    0.4943    0.1993    0.4789    0.3454    0.4706    0.0767    0.8790    0.4529    0.7632    0.0941
    0.1576    0.6938    0.8971    0.7983    0.5882    0.6187    0.7386    0.2304    0.3910    0.6098    0.8880    0.8048    0.1135    0.6837    0.3278    0.3102    0.8966    0.6640    0.4464    0.5113    0.5242    0.8953    0.8924    0.0777    0.0707    0.1434    0.2771    0.7708    0.1998    0.0904
    0.5800    0.0866    0.1765    0.6705    0.9721    0.7633    0.9729    0.4986    0.0015    0.6913    0.7225    0.8277    0.7736    0.2019    0.6363    0.5111    0.6742    0.7104    0.8213    0.1471    0.9565    0.8706    0.0752    0.4987    0.0775    0.5431    0.0374    0.4943    0.3472    0.2182
    0.1233    0.1376    0.0881    0.2288    0.5766    0.4851    0.0181    0.7447    0.4408    0.9133    0.4574    0.8742    0.8483    0.3982    0.5693    0.1391    0.6231    0.1293    0.6229    0.9140    0.3844    0.8080    0.1576    0.4316    0.3006    0.3442    0.2646    0.3979    0.3434    0.3083
    0.3815    0.0531    0.7606    0.9830    0.3879    0.7027    0.8342    0.2251    0.7321    0.4491    0.7670    0.2380    0.3642    0.1636    0.8247    0.3907    0.9321    0.5130    0.4630    0.2598    0.8801    0.4539    0.6339    0.5108    0.1941    0.8811    0.9424    0.5381    0.0466    0.3748
    0.8431    0.5882    0.1464    0.5800    0.8306    0.2162    0.9301    0.5548    0.2403    0.9455    0.7651    0.8842    0.3984    0.9336    0.7025    0.6080    0.0305    0.2973    0.0150    0.5109    0.2314    0.7521    0.7132    0.7150    0.7869    0.5891    0.0858    0.3538    0.2681    0.1290
    0.3491    0.8796    0.6173    0.7562    0.1877    0.4034    0.5856    0.9566    0.0147    0.8303    0.6404    0.1391    0.5439    0.1342    0.0335    0.2289    0.2009    0.7100    0.5003    0.7024    0.7069    0.9861    0.4288    0.3458    0.4213    0.9506    0.2275    0.2073    0.9020    0.5716
    0.2080    0.3168    0.3748    0.6354    0.1923    0.4794    0.9376    0.9882    0.3274    0.5828    0.3461    0.2958    0.4937    0.4089    0.9277    0.3657    0.8045    0.5653    0.8416    0.1716    0.6453    0.6166    0.5696    0.9497    0.1110    0.9541    0.0406    0.0930    0.9203    0.0554
    0.2974    0.4547    0.6673    0.9973    0.9025    0.4264    0.6619    0.2213    0.3915    0.4140    0.3750    0.2911    0.4523    0.0750    0.5653    0.4484    0.3046    0.0326    0.6191    0.4623    0.9956    0.9210    0.9104    0.7270    0.9109    0.4319    0.7377    0.4575    0.6023    0.3982
    0.8833    0.4382    0.5530    0.0458    0.4893    0.1511    0.6733    0.0918    0.9567    0.6369    0.8969    0.5312    0.2578    0.1244    0.9960    0.5650    0.5115    0.5691    0.4740    0.3523    0.8248    0.4821    0.8068    0.2707    0.4022    0.3359    0.3340    0.9818    0.7915    0.9300
t = rand(4096,128)
t = 4096×128
    0.5044    0.9611    0.2975    0.3038    0.0623    0.2981    0.6301    0.3950    0.8452    0.1447    0.1038    0.8898    0.8930    0.6736    0.6702    0.6174    0.9974    0.1603    0.1081    0.8914    0.1384    0.9945    0.8592    0.7990    0.4826    0.4927    0.4781    0.2928    0.7482    0.6110
    0.5365    0.8015    0.0463    0.0237    0.2513    0.4294    0.4913    0.8559    0.5564    0.8981    0.1752    0.7923    0.6851    0.2720    0.4878    0.5220    0.9193    0.6606    0.4080    0.5387    0.7395    0.6412    0.1132    0.7753    0.2855    0.5286    0.1114    0.7629    0.6140    0.4565
    0.1350    0.9931    0.3651    0.5274    0.0744    0.6302    0.4032    0.8477    0.6975    0.6285    0.3557    0.7889    0.5558    0.6224    0.8393    0.8893    0.7035    0.0323    0.0582    0.9516    0.1824    0.1889    0.1159    0.6053    0.2040    0.7907    0.1064    0.4961    0.3629    0.9532
    0.6905    0.8708    0.5989    0.9886    0.6274    0.7803    0.7065    0.1125    0.5084    0.8593    0.9604    0.0942    0.8442    0.4489    0.8710    0.4012    0.3620    0.3883    0.3635    0.9371    0.4754    0.0531    0.7584    0.0559    0.8715    0.9147    0.5778    0.1374    0.2748    0.8517
    0.0961    0.5118    0.0339    0.1904    0.7185    0.3411    0.3003    0.5676    0.8001    0.4882    0.7657    0.8240    0.6371    0.2179    0.0548    0.6484    0.4220    0.5160    0.5307    0.2923    0.7245    0.2606    0.0474    0.7910    0.1137    0.2463    0.3725    0.4030    0.4773    0.9110
    0.9712    0.6535    0.6871    0.2544    0.1657    0.2501    0.8184    0.4696    0.8812    0.9465    0.0423    0.6835    0.4398    0.5723    0.0424    0.4039    0.7016    0.0419    0.6454    0.1797    0.6775    0.4506    0.1911    0.4679    0.6295    0.2801    0.8935    0.5296    0.4285    0.5015
    0.4907    0.4949    0.8734    0.1299    0.2968    0.5777    0.1194    0.3140    0.5918    0.0883    0.8359    0.1748    0.0123    0.1190    0.2866    0.1939    0.0924    0.6230    0.9549    0.3560    0.4149    0.3431    0.6646    0.6669    0.6367    0.5791    0.2446    0.9527    0.5711    0.2890
    0.1334    0.0930    0.8603    0.7558    0.2922    0.4466    0.7830    0.0370    0.3003    0.2024    0.4662    0.5244    0.6448    0.3503    0.2164    0.9771    0.5432    0.0289    0.8513    0.4166    0.5802    0.6100    0.6414    0.6977    0.1745    0.3120    0.5146    0.1406    0.5175    0.0482
    0.2044    0.5622    0.8482    0.5438    0.9975    0.2122    0.5021    0.3541    0.4492    0.8280    0.6190    0.6724    0.5848    0.3663    0.5051    0.4750    0.8299    0.9033    0.5872    0.4053    0.5480    0.9489    0.0263    0.0902    0.9267    0.4542    0.7589    0.0618    0.6380    0.1917
    0.2101    0.4962    0.2135    0.2233    0.8769    0.2543    0.5868    0.1662    0.7234    0.8871    0.9886    0.1424    0.1043    0.1238    0.1065    0.4117    0.0543    0.1769    0.4995    0.0145    0.3482    0.7666    0.3474    0.4398    0.0849    0.7942    0.5256    0.4044    0.8917    0.5709
[m, n] = size(t)
m = 4096
n = 128
[m1, n1] = size(H)
m1 = 4096
n1 = 128
% check with this
isequal(m,m1)
ans = logical
   1
% check the size
isequal(n,n1)
ans = logical
   1
    if m < m1
        t(m1,:) = 0; % extend t with rows of zeros, up to the number of rows of H
    elseif m > m1
        H(m,:) = 0; % extend H with rows of zeros, up to the number of rows of t
    end
    if n < n1
        t(:,n1) = 0; % extend t with columns of zeros, up to the number of columns of H
    elseif n > n1
        H(:,n) = 0; % extend H with columns of zeros, up to the number of columns of t
    end
    H, t
H = 4096×128
    0.8248    0.5065    0.6397    0.3823    0.1631    0.4526    0.4803    0.4205    0.3585    0.6254    0.4043    0.4537    0.1282    0.9759    0.0297    0.6665    0.0417    0.5129    0.7328    0.9560    0.4943    0.1993    0.4789    0.3454    0.4706    0.0767    0.8790    0.4529    0.7632    0.0941
    0.1576    0.6938    0.8971    0.7983    0.5882    0.6187    0.7386    0.2304    0.3910    0.6098    0.8880    0.8048    0.1135    0.6837    0.3278    0.3102    0.8966    0.6640    0.4464    0.5113    0.5242    0.8953    0.8924    0.0777    0.0707    0.1434    0.2771    0.7708    0.1998    0.0904
    0.5800    0.0866    0.1765    0.6705    0.9721    0.7633    0.9729    0.4986    0.0015    0.6913    0.7225    0.8277    0.7736    0.2019    0.6363    0.5111    0.6742    0.7104    0.8213    0.1471    0.9565    0.8706    0.0752    0.4987    0.0775    0.5431    0.0374    0.4943    0.3472    0.2182
    0.1233    0.1376    0.0881    0.2288    0.5766    0.4851    0.0181    0.7447    0.4408    0.9133    0.4574    0.8742    0.8483    0.3982    0.5693    0.1391    0.6231    0.1293    0.6229    0.9140    0.3844    0.8080    0.1576    0.4316    0.3006    0.3442    0.2646    0.3979    0.3434    0.3083
    0.3815    0.0531    0.7606    0.9830    0.3879    0.7027    0.8342    0.2251    0.7321    0.4491    0.7670    0.2380    0.3642    0.1636    0.8247    0.3907    0.9321    0.5130    0.4630    0.2598    0.8801    0.4539    0.6339    0.5108    0.1941    0.8811    0.9424    0.5381    0.0466    0.3748
    0.8431    0.5882    0.1464    0.5800    0.8306    0.2162    0.9301    0.5548    0.2403    0.9455    0.7651    0.8842    0.3984    0.9336    0.7025    0.6080    0.0305    0.2973    0.0150    0.5109    0.2314    0.7521    0.7132    0.7150    0.7869    0.5891    0.0858    0.3538    0.2681    0.1290
    0.3491    0.8796    0.6173    0.7562    0.1877    0.4034    0.5856    0.9566    0.0147    0.8303    0.6404    0.1391    0.5439    0.1342    0.0335    0.2289    0.2009    0.7100    0.5003    0.7024    0.7069    0.9861    0.4288    0.3458    0.4213    0.9506    0.2275    0.2073    0.9020    0.5716
    0.2080    0.3168    0.3748    0.6354    0.1923    0.4794    0.9376    0.9882    0.3274    0.5828    0.3461    0.2958    0.4937    0.4089    0.9277    0.3657    0.8045    0.5653    0.8416    0.1716    0.6453    0.6166    0.5696    0.9497    0.1110    0.9541    0.0406    0.0930    0.9203    0.0554
    0.2974    0.4547    0.6673    0.9973    0.9025    0.4264    0.6619    0.2213    0.3915    0.4140    0.3750    0.2911    0.4523    0.0750    0.5653    0.4484    0.3046    0.0326    0.6191    0.4623    0.9956    0.9210    0.9104    0.7270    0.9109    0.4319    0.7377    0.4575    0.6023    0.3982
    0.8833    0.4382    0.5530    0.0458    0.4893    0.1511    0.6733    0.0918    0.9567    0.6369    0.8969    0.5312    0.2578    0.1244    0.9960    0.5650    0.5115    0.5691    0.4740    0.3523    0.8248    0.4821    0.8068    0.2707    0.4022    0.3359    0.3340    0.9818    0.7915    0.9300
t = 4096×128
    0.5044    0.9611    0.2975    0.3038    0.0623    0.2981    0.6301    0.3950    0.8452    0.1447    0.1038    0.8898    0.8930    0.6736    0.6702    0.6174    0.9974    0.1603    0.1081    0.8914    0.1384    0.9945    0.8592    0.7990    0.4826    0.4927    0.4781    0.2928    0.7482    0.6110
    0.5365    0.8015    0.0463    0.0237    0.2513    0.4294    0.4913    0.8559    0.5564    0.8981    0.1752    0.7923    0.6851    0.2720    0.4878    0.5220    0.9193    0.6606    0.4080    0.5387    0.7395    0.6412    0.1132    0.7753    0.2855    0.5286    0.1114    0.7629    0.6140    0.4565
    0.1350    0.9931    0.3651    0.5274    0.0744    0.6302    0.4032    0.8477    0.6975    0.6285    0.3557    0.7889    0.5558    0.6224    0.8393    0.8893    0.7035    0.0323    0.0582    0.9516    0.1824    0.1889    0.1159    0.6053    0.2040    0.7907    0.1064    0.4961    0.3629    0.9532
    0.6905    0.8708    0.5989    0.9886    0.6274    0.7803    0.7065    0.1125    0.5084    0.8593    0.9604    0.0942    0.8442    0.4489    0.8710    0.4012    0.3620    0.3883    0.3635    0.9371    0.4754    0.0531    0.7584    0.0559    0.8715    0.9147    0.5778    0.1374    0.2748    0.8517
    0.0961    0.5118    0.0339    0.1904    0.7185    0.3411    0.3003    0.5676    0.8001    0.4882    0.7657    0.8240    0.6371    0.2179    0.0548    0.6484    0.4220    0.5160    0.5307    0.2923    0.7245    0.2606    0.0474    0.7910    0.1137    0.2463    0.3725    0.4030    0.4773    0.9110
    0.9712    0.6535    0.6871    0.2544    0.1657    0.2501    0.8184    0.4696    0.8812    0.9465    0.0423    0.6835    0.4398    0.5723    0.0424    0.4039    0.7016    0.0419    0.6454    0.1797    0.6775    0.4506    0.1911    0.4679    0.6295    0.2801    0.8935    0.5296    0.4285    0.5015
    0.4907    0.4949    0.8734    0.1299    0.2968    0.5777    0.1194    0.3140    0.5918    0.0883    0.8359    0.1748    0.0123    0.1190    0.2866    0.1939    0.0924    0.6230    0.9549    0.3560    0.4149    0.3431    0.6646    0.6669    0.6367    0.5791    0.2446    0.9527    0.5711    0.2890
    0.1334    0.0930    0.8603    0.7558    0.2922    0.4466    0.7830    0.0370    0.3003    0.2024    0.4662    0.5244    0.6448    0.3503    0.2164    0.9771    0.5432    0.0289    0.8513    0.4166    0.5802    0.6100    0.6414    0.6977    0.1745    0.3120    0.5146    0.1406    0.5175    0.0482
    0.2044    0.5622    0.8482    0.5438    0.9975    0.2122    0.5021    0.3541    0.4492    0.8280    0.6190    0.6724    0.5848    0.3663    0.5051    0.4750    0.8299    0.9033    0.5872    0.4053    0.5480    0.9489    0.0263    0.0902    0.9267    0.4542    0.7589    0.0618    0.6380    0.1917
    0.2101    0.4962    0.2135    0.2233    0.8769    0.2543    0.5868    0.1662    0.7234    0.8871    0.9886    0.1424    0.1043    0.1238    0.1065    0.4117    0.0543    0.1769    0.4995    0.0145    0.3482    0.7666    0.3474    0.4398    0.0849    0.7942    0.5256    0.4044    0.8917    0.5709



