メイン の MATLAB ファイルから呼び出される関数は MATLAB Compiler により自動的に含まれますので特に指定は必要ありません。しかし、明示的に呼び出されない関数(EVALで指定する関数)はその関数をあらかじめ、ファイルに含める必要があります。
DEPLOYTOOL の「共有リソースと補助ファイル」に該当する関数を含めてご利用ください。EVALに関数含めない場合(通常通り用いる場合)は、ファイルの指定は不要です。
たとえば、NANMEAN は下記で表示されるディレクトリにありますので、「共有リソースと補助ファイル」でここのファイルを指定してください。
which -all nanmean
コマンドで実行する場合は、-a オプションで指定します。
mcc -m samp_test.m -a C:\MATLAB\R2010b\toolbox\stats\stats\nanmean.m