このメッセージは別フォルダに存在する同名モデル(xxxx.mdl)がMATLAB上に同時に(重複で)オープンされていることを警告するメッセージです。同名モデルでも別フォルダに存在するものはその内容が異なる可能性があるため、Simulinkは上記の警告を行います。close_systemコマンドで重複ロードしているモデルを閉じるか、またはMATLABを再起動してからご所望のモデルのオープンによりこの警告は解消されます。
同警告の詳細についてはMATLABヘルプの下記ツリーを参照して下さい。
[コンテンツ]タブ
→Simulink
→Modeling with Simulink
→General Considerations when Building Simulink Models
→Shadowed Files