Virtual サブシステム（デフォルト設定の Subsystem ブロック）と Atomic サブシステムの違い、一つのサブシステムを一つのブロックとして扱うか扱わないかの違いです。
数学的、物理的な面で実質的な意味を持たず、単に視覚的な表現のみを与えるブロックを Virtual ブロックと呼びます。
例えば、複数の信号線を1本にまとめる Mux ブロックや、信号の受け渡しを行 うFrom ブロック、Goto ブロックが Virtual ブロックに相当します。デフォルト設定の Subsystem ブロックも、単に視覚的な階層構造を構成しているだけですので、Virtual ブロックに属します。このサブシステムの事を Virtual サブシステムと呼びます。
Simulink は、初期化フェーズ（シミュレーション実行前の処理）でいったん全ての Virtual サブシステムを最上位階層で展開してから、モデル単位で実行順序を決定します。つまり、サブシステム単位で処理が行われているわけではないということになります。これに対して、リアルタイムアプリケーション等への応用を考えた場合、実行順序の意味でも Subsystem ブロックを 1 つの処理単位として使用したいケースがあります（優先的に実行する処理モジュールを定義したい等）。この要求に応えるために、Simulinkには実行順序の意味でも Subsystem ブロックを 1 つのブロックとして扱う、Atomic サブシステムが用意されています。Atomic サブシステムを利用するためには、主に次の 2 通りの方法があります。
1. Simulink/Ports & Subsystems/Atomic Subsystem ブロックを利用する。
2. デフォルト Subsystem ブロックを右クリック後、コンテキストメニューから 「SubSystemパラメータ」 を選択し、「Atomicサブシステムとして扱う」 にチェックを入れる。
通常の Virtual サブシステムと区別できるように、Atomicサブシステムの枠線は太く表示されます。
