Image Processing Toolbox の関数 impixel を使用することで、マウスで選択された x 座標、y 座標、ピクセル値を取得することが可能です。(複数選択も可能です。)
(使用例)
>> I = imread('peppers.png'); % 画像の読み込み
>> [x,y,P] = impixel(I); % ピクセル値の取得

(※印の3箇所でマウスで左クリックし、ピクセル値を取得しています。)
>> [x, y] % x,y 座標
ans =
50 218
220 107
279 193
>> P % ピクセル(RGB)値
P =
255 138 0
252 219 192
255 184 0
また、カーソルの動きに合わせて、ピクセル値を Figure 上に即座に表示する、ということであれば、以下の Image Processing Toolbox の関数を使用することが可能です。
● impixelinfo 関数
※R14以降のバージョンで利用可能です。
※Macintosh版をご利用の場合、R14SP3以降のバージョンで利用可能です。
(使用例)
>> I = imread('peppers.png'); % 画像の読み込み
>> h = image(I); axis off
>> impixelinfo(h)

Figure の左下に、カーソル位置の "(x座標, y座標) [R G B]" が表示されています。
マウスを右クリックし、[Copy pixel info] を選択すると、クリップボードに上記情報をコピーすることができます。
● pixval 関数 (使用例)
>> figure,image(I); axis off
>> pixval

Figure の左下に、カーソル位置の " x座標, y座標 = R, G, B " が表示されています。マウスをドラッグすると、マウスを移動させた距離も表示されます。