PZMAP 関数でシステムの極や零点を確認して、極と零点が相殺可能であれば、MINREAL 関数を使用して次元を小さくすることができます。
sys = zpk(-1,[-1, -2],1)
零点/極/ゲイン:
(s+1)
-----------
(s+1) (s+2)
極・零点の確認
pzmap(sys)

極・零点の相殺
sys_min=minreal(sys)
零点/極/ゲイン:
1
-----
(s+2)
以上から、極と零点が一致する場合は、システムの次数を下げることが可能です。
上記が難しいシステムの場合、System Identification Toolbox の idgrey オブジェクトを使用して低次元化後のシステムの構造を定義し、そのシステムのパラメータ推定を行う方法もあります。この具体的な方法は、下記の関連ソリューションを参考にしてください。