設定されたMATLABのパス情報は"pathdef.m"というMATLABプログラムに保存されるため、パス上に複数の"pathdef.m"がある場合、設定されたパスがうまく参照されないことがあります。
下記のコマンドで複数の"pathdef.m"がMATLABのパス上に存在するかどうかを確認できます。
which pathdef -all
通常は
$MATLABROOT\toolbox\local\pathdef.m
しかありませんが、もしその他の"pathdef.m"が存在する場合、削除することもしくはファイル名を変更することによって問題を解決できます。