複数の MEX-ファイル を含む C 共有ライブラリを作成する方法は複数の MATLAB ファイル を含む C 共有ライブラリを作成する方法と同じです。MATLAB Compiler のヘルプドキュメントの examples にも例があります。
"Building the Shared Library" の 2. のステップで、MATLAB ファイル の代わりに MEX-ファイル を指定します。たとえば、mex1.mexw32 および mex2.mexw32 を使用する場合、以下のように記述することにより、これらを含む C 共有ライブラリを作成することができます。
mcc -B csharedlib:sharedlibname mex1.mexw32 mex2.mexw32
ここで、"sharedlibname" は生成するライブラリの名前です。この場合では、mex1.mexw32 および mex2.mexw32 を含む、sharedlibname.dll という C 共有ライブラリが生成されます