凝集型の階層クラスター ツリー
linkage(y)
が距離行列のベクトル表現である場合、y
の計算速度が低下する可能性があります。'centroid'
、'median'
、および 'ward'
メソッドの場合、linkage
は y
がユークリッド距離かどうかを確認します。時間のかかるチェックを回避するには、y
ではなく X
を渡してください。
'centroid'
および 'median'
メソッドは、単調ではないクラスター ツリーを作成できます。このようになるのは、2 つのクラスター r および s の結合から 3 番目のクラスターまでの距離が r と s の間の距離より小さい場合です。この場合、既定の方向に描画した系統樹では、葉からルート ノードへのパスは下向きになります。これを回避するには、別の方法を使用してください。次の図に非単調のクラスター ツリーを示します。
この場合、クラスター 1 とクラスター 3 が結合され新しいクラスターになっていて、この新しいクラスターとクラスター 2 の間の距離はクラスター 1 とクラスター 3 の間の距離よりも短くなっています。これは、非単調なツリーになります。
ツリーを表示する関数 dendrogram
、クラスターに点を割り当てる関数 cluster
、不整合の程度を計算する関数 inconsistent
およびコーフェン相関係数を計算する関数 cophenet
などを含む、その他の関数に出力 Z
を提供することができます。
cluster
| clusterdata
| cophenet
| dendrogram
| inconsistent
| kmeans
| pdist
| silhouette
| squareform