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Slurm、PBS Pro、LSF、TORQUE 向けの構成

MATLAB® Parallel Server™ インストール環境を Slurm、PBS Pro、LSF、TORQUE と連携するように構成するには、以下の手順に従います。

メモ:

以下に対しては、汎用スケジューラ インターフェイスを使用します。

  • 上記以外のサードパーティ製のスケジューラ (Sun Grid Engine、GridMP など)

  • PBS Pro 以外の PBS

  • クライアントがスケジューラに直接送信できない場合の非共有ファイル システム (Windows 上の TORQUE など)

  • MATLAB クライアント マシンにサードパーティ製スケジューラのユーティリティ (Slurm の sinfo、sbatch、squeue、sacct など) がインストールされていない場合

  • Windows クライアントから Slurm を使用する場合、Slurm クラスターとの共有ファイル システムがない場合、または Slurm ユーティリティにクライアントからアクセスできない場合。これらの場合は、汎用スケジューラ インターフェイスを使用します。

汎用スケジューラ インターフェイスの詳細については、汎用スケジューラ インターフェイスを使用した構成を参照してください。

クラスター プロファイルの作成とインストールの検証

この手順では、並列計算製品がインストールされ、クラスター上で正しく構成されているかを検証します。

手順 1: クラスター プロファイルの作成

この手順では、後続の手順で使用するクラスター プロファイルを作成します。

  1. クラスター プロファイル マネージャーを起動します。[ホーム] タブの [環境] 領域で、[並列][クラスターの作成と管理] を選択します。

  2. クラスター プロファイル マネージャーで、[クラスター プロファイルの追加][LSF] (あるいは必要に応じて [Slurm][PBS Pro]、または [Torque]) を選択して、新規プロファイルを作成します。

  3. リストで新しいプロファイルが選択されている状態で、[名前の変更] をクリックし、プロファイル名を編集して「InstallTest」にします。Enter キーを押します。

  4. [プロパティ] タブで、次のフィールドの設定を行います。

    1. [説明] フィールドに「For testing installation」と入力します。

    2. [JobStorageLocation] で、ジョブおよびタスクのデータを保存する場所 (共有ファイル システムがある場合は、すべてのワーカー マシンからアクセスできる場所) を設定します。

      メモ:

      JobStorageLocation は、異なるバージョンを実行している並列計算製品間で共有しないでください。クラスター上の各バージョンで独自の JobStorageLocation をもつようにします。

    3. [NumWorkers] フィールドに、検証テストを実行するワーカーの数をライセンスの制限内で設定します。

    4. [ClusterMatlabRoot] を、ワーカー マシンにより実行される MATLAB のインストール場所に設定します。

    5. [SubmitArguments] で、特定のクラスターおよびスケジューラで必要な任意の追加コマンド引数を設定します。

    6. LSF® を使用している場合は、[OperatingSystem] をワーカー マシンのオペレーティング システムに設定します。

    7. [HasSharedFilesystem] で、クライアントおよびワーカーが同じデータの場所を共有できるかどうかを設定します。

      ダイアログ ボックスは次のように表示されます。PBS Pro® または TORQUE スケジューラの場合は多少異なります。

  5. [完了] をクリックしてクラスター プロファイルを保存します。

手順 2:クラスター プロファイルの検証

この手順では、クラスター プロファイルを検証し、その結果を基にインストール環境を検証します。プロファイルの検証時に、使用するワーカーの数を指定できます。[検証] タブでワーカー数を指定しない場合、検証では、[プロパティ] タブの NumWorkers プロパティで指定されている値と同数のワーカーの使用が試みられます。より少ないワーカー数を指定すると、クラスター全体を占有せずに構成を検証することができます。

  1. MATLAB デスクトップからクラスター プロファイル マネージャーを起動します (まだ開いていない場合)。[ホーム] タブの [環境] 領域で、[並列][クラスターの作成と管理] を選択します。

  2. 一覧でクラスター プロファイルを選択します。

  3. [検証] タブをクリックします。

  4. チェック ボックスを使用してすべてのテストまたは検証段階のサブセットを選択し、プロファイルの検証時に使用するワーカーの数を指定します。

  5. [検証] をクリックします。

[検証結果] タブに出力が表示されます。次の図では、すべての検証テストをパスしたプロファイルの結果が表示されています。

メモ:

検証をパスしなかった場合は、MathWorks インストール サポート チームにお問い合わせください。

検証がパスすると、他の並列アプリケーションで利用可能な有効なプロファイルの準備ができたことになります。ご使用のアプリケーションに合わせて、NumWorkersRangeAttachedFilesAdditionalPaths など、プロファイルを変更することができます。

他のユーザー用にプロファイルを保存するには、プロファイルを選択して [エクスポート] をクリックしてから、目的の場所にプロファイルをファイルとして保存します。後で、クラスター プロファイル マネージャーの実行中に、他のユーザーは [インポート] をクリックしてこのプロファイルをインポートできます。

Windows クラスターでの LSF スケジューラの構成

クラスターが既に mpiexec および smpd を使用するように設定されている場合、互換性のある MPI 実装ライブラリを使用していれば、matlabroot\toolbox\parallel\mpi\mpiLibConf.m で定義されている既存の構成で Parallel Computing Toolbox™ ソフトウェアを使用できます。ただし、クラスター上に mpiexec がなく、それを使用する必要がある場合は、並列計算製品に付属の mpiexec ソフトウェアを使用できます。

mpiexec および smpd の詳細については、MPICH のホーム ページを参照してください。ユーザー ガイドおよびインストール手順を表示するには、このページで Documentation、User's Guide を選択します。

以下の手順において、matlabroot は MATLAB のインストールの場所を示します。

mpiexec を使用してジョブを分散するには、MATLAB ワーカーの実行に使用されるすべてのノードで smpd サービスが実行されていなければなりません。

メモ:

smpd 実行可能ファイルは、マップ先のドライブからは実行されません。ローカルにインストールするか、実行可能ファイルへの UNC 絶対パス名を使用します。Microsoft® Windows Vista™ はネットワーク共有インストール環境にある smpd 実行可能ファイルをサポートしないため、Vista ではローカルにインストールしなければなりません。

  1. 管理者権限をもつユーザーとしてログインします。

  2. DOS コマンド ウィンドウに入力して smpd を開始します。

    matlabroot\bin\win64\smpd -install

    このコマンドにより、サービスがインストールされ、開始されます。このサービスはインストールされている限り、ノードの起動時に開始されます。

  3. このマシンがワーカー マシンであり、ここでインストーラーを実行して MATLAB Parallel Server ソフトウェアをインストールしていない場合 (たとえば、共有インストールから MATLAB Parallel Server ソフトウェアを実行している場合)、DOS コマンド ウィンドウで次のコマンドを実行します。

    matlabroot\bin\matlab.bat -install_vcrt
    

    このコマンドにより、スケジューラによるジョブの実行に必要な Microsoft ランタイム ライブラリがインストールされます。

  4. クラスター ノード上で Windows® ファイアウォールを使用している場合は、DOS コマンド ウィンドウで次を実行します。

    matlabroot\toolbox\parallel\bin\addMatlabToWindowsFirewall.bat
    

    このコマンドにより、許可されたプログラムとして MATLAB が追加されます。別のファイアウォールを使用している場合は、これと同様の内容になるように構成しなければなりません。

  5. このノードで実行されるジョブの投入ユーザーとしてログインします。

  6. 以下を入力して、このユーザーの mpiexec の使用を登録します。

    matlabroot\bin\win64\mpiexec -register
  7. このマシン上でジョブを実行するすべてのユーザーについて、手順 5 ~ 6 を繰り返します。

  8. クラスター内のすべての Windows ノード上で、これらすべての手順を繰り返します。

サーバー上の Windows ファイアウォールの構成

クラスター ノード上で Windows ファイアウォールを使用している場合は、次を行います。

  1. 管理者権限をもつユーザーとしてログインします。

  2. DOS コマンド ウィンドウで次を実行します。

    matlabroot\toolbox\parallel\bin\addMatlabToWindowsFirewall.bat
    

    このコマンドは、許可されたプログラムとして MATLAB を追加します。別のファイアウォールを使用している場合は、これと同様の内容になるように構成しなければなりません。