Bioinformatics Toolbox には、バイオインフォマティクス パイプライン、次世代シーケンサー (NGS)、マイクロアレイ解析、質量分析、遺伝子オントロジーを構築するためのアルゴリズムとアプリが用意されています。ゲノムデータとプロテオミクスデータを読み取り、Genomics Viewer アプリでこのデータを探索し、空間ヒートマップとクラスタグラムを使用して可視化できます。このツールボックスでは、統計、回帰、分類 (Statistics and Machine Learning Toolbox を使用)、およびディープラーニング (Deep Learning Toolbox を使用) の手法を活用して、完全な解析パイプラインを構築できます。
Biopipeline Designer アプリを使用すると、ゲノムデータ解析用のバイオインフォマティクス パイプラインを、ローカルまたはクラウドで対話的に構築できます。実証済みの NGS ライブラリを統合した組み込みのバイオインフォマティクス パイプライン ブロックとカスタムブロックを組み合わせて、コミュニティのツールを使用して解析を拡張することができます。パイプラインを作成することで、読み取りを前処理し、それらを参照ゲノムにマッピングし、RNA-Seq 発現差異解析や ChIP-Seq 解析などの統計解析を実行することができます。
バイオインフォマティクス パイプラインの構築
Biopipeline Designer アプリを使用すると、エンドツーエンドのバイオインフォマティクス パイプラインを、ローカルまたはクラウドで対話的に構築して実行できます。実証済みの NGS ライブラリを統合した組み込みのブロックまたはカスタムブロックを使用してパイプラインを構築し、プロセスの各ステップについてコミュニティのツールを使用して解析を拡張することができます。パイプラインを、並列 (Parallel Computing Toolbox を使用) およびバッチモードで実行します。
ドキュメンテーション | 例
次世代シーケンサー (NGS)
このツールボックスでは、NGS 向けのアルゴリズムと可視化手法を提供します。たとえば、読み取りを前処理し、それらを参照ゲノムにマッピングし、RNA-Seq データの発現差異解析や ChIP-Seq データの解析などの統計解析を実行することができます。
ドキュメンテーション | 例
配列解析
ペアワイズ配列、配列プロファイル、多重配列アライメントなどのシーケンス解析手法を適用します。配列を操作して評価し、データをより深く理解します。オンラインまたはローカルのデータベースで、既知の配列に BLAST 検索を実行します。
ドキュメンテーション | 例
質量分析データの解析
Bioinformatics Toolbox は、SELDI、MALDI、LC/MS、GC/MS データの解析を可能にします。スペクトルの平滑化、整列、正規化を行い、分類、統計、機械学習の手法を用いて、分類器の作成とバイオマーカーの候補の特定を行うことができます。
ドキュメンテーション | 例
ゲノムデータとプロテオミクスデータの読み取り
SAM、BAM、FASTA、FASTQ、GTF、GFF などの一般的なファイル形式や、NCBI Gene Expression Omnibus、GenBank®、Sequence Read Archive などのオンライン データベースから、データを読み取ることができます。大きすぎてメモリに収まらないデータには、専用のデータコンテナーを使用することができます。
ドキュメンテーション | 例
統計および機械学習アルゴリズム
Bioinformatics Toolbox は、特徴選択、分類、回帰、マッピング、階層図とパスウェイ表示のための対話型ツールを備えた Statistics and Machine Learning Toolbox を基礎とする関数を提供します。
ドキュメンテーション | 例
マイクロアレイデータ解析
さまざまな手法を用いてマイクロアレイデータを正規化します。発現変動遺伝子を特定し、遺伝子オントロジーを用いて発現結果のエンリッチメント解析を実行します。グラフ理論アルゴリズムを用いて、遺伝子間およびタンパク質間相互作用ネットワークを可視化します。
ドキュメンテーション | 例
アプリのデプロイと共有
データ解析プログラムを、カスタマイズされたソフトウェア アプリケーションに変換できます。カスタム ユーザー インターフェイスの構築、既存の C、C++、Java™ アプリケーションとの統合、スタンドアロンアプリのデプロイが可能です。
ドキュメンテーション | 例
製品リソース:
あなたは学生ですか?
ご所属の学校にはすでに Campus-Wide License が導入されていて、MATLAB、Simulink、その他のアドオン製品を利用できる可能性があります。