Catrex GUI

バージョン 1.0.0 (444 KB) 作成者: Jesus Perez
Graphical user interface to extract calcium transients from imaging experiments. Get raster of neuronal activity from a raw tiff file.
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更新 2020/7/28
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GUI in MATLAB for automated calcium transients extraction from imaging experiments.

1. Load tiff file with the sequence of images acquired.
2. Perform non-rigid (or rigid) motion correction.
3. Find cells based on Suite2P algorithm (Pachitariu et al., 2016).
4. Evaluate ROIs identified (area, circularity, perimeter, eccentricity and overlapping).
5. Extract calcium transients using local neuropil as the basal of fluorescence.
6. Evaluate peak signal-to-noise ratio (PSNR).
7. Perform spike inference (foopsi; Friedrich & Paninski, 2016).
8. Get raster activity, a binary matrix where each row is the activity of a single ROI.

Output of a structure variable with all data analyzed

引用

Jesus Perez (2026). Catrex GUI (https://github.com/PerezOrtegaJ/Catrex_GUI/releases/tag/V1.0.0), GitHub. に取得済み.

MATLAB リリースの互換性
作成: R2020a
すべてのリリースと互換性あり
プラットフォームの互換性
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ヒントを得たファイル: Suite2P, CaImAn

Deconvolution Caiman

Suite2P_JP

common

バージョン 公開済み リリース ノート
1.0.0

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