Line関数で画像上にプロットを描く手段はいかがでしょうか。
BackImName='RectifiedPhotos/Photo3/RectifiedPhoto-H2018-02-17-003.png';
file=csvread('modifieddm=1.csv');
figure;
img = imread(BackImName);
imshow(img);
ax = gca;
h = line(ax, file(:, 1), file(:, 2));
% ラインが目立つよう色を変更しております
h.Color = [1, 0, 1];