これは、コマンドウィンドウ、コマンド履歴、エディターに日本語を表示できないフォントが選択されているためです。
日本語を表示できるフォントを選択することにより回避することができます。
(1)MATLABのデスクトップ画面にて、"ファイル"->"設定"を選択。
(2)"設定"画面の左側で"フォント"を選択。
(3)"設定"画面の右側の"デスクトップコードフォント"内の"現在使用中:コマンドウィンドウ、コマンド履歴、エディター"の部分で日本語を表示できるフォント(たとえば"MS***"や"HG***"を選択し、"OK"ボタンを押下。