イメージデータの透明度AlphaDataを設定すると、画像を重ねて表示することができます。
下記に例があります。
MATLAB標準関数で、透明度を設定した画像表示の例です。
earth = imread('landOcean.jpg');
image(earth)
axis image
clouds = imread('cloudCombined.jpg');
image(clouds);
image(earth);
axis image;
hold on;
im = image(clouds);
alpha = 255*uint8( (clouds(:,:,1)+clouds(:,:,2)+clouds(:,:,3))/3 > 50 ); %Caluculate alpha data
im.AlphaData = alpha;
hold off;